A história de Hourou Musuko tem uma trama um tanto polêmica, mas interessante; ela se focaliza em um garoto tímido e delicado chamado Nitori Shuuichi. No primeiro dia de aula em sua nova escola, ele é confundido por sua irmã mais velha. Coincidentemente ele senta ao lado de Takatsuki Yoshino, uma garota enérgica que gostaria de ser um menino. Ambos tem segredos que não podem contar a ninguém.
